周苑分享 http://blog.sciencenet.cn/u/yaoqizhou 论春语秋,谈科说学,声传言教。


  • 深圳湾实验室,研究员

    • 生命科学->遗传学与生物信息学->生物信息学

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大女儿哈佛毕业之后 2024-06-30
2021 年大女儿从哈佛本科的计算机专业毕业,决定直接步入社会工作,而不是去读研究生。想当年,我大学快毕业的时候,对于从来没有离开过学校的我,有进入社会 ...
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半夜在酒店摔倒之后 2024-06-30
上海出一趟差,密集安排了三场报告。第二天半夜 2 点起床上卫生间,按照惯例,没有开灯,因为不想打断睡眠,没想到不知道被什么绊了一下,左胸重重地摔在坚硬 ...
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<出发:不断走出舒适区的科研生活之旅>新书首发分享会 2024-06-28
新书首发分享会 https://mp.weixin.qq.com/s/t4WDiHSgeyVU16HRM7IM5A 我在美国印第安纳大学做教授的时候,曾经有一个博士后,原来是学物理的,他当 ...
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太太袁汇的故事:一个有光的人 2024-04-18
导言:我太太袁汇喜欢跟我讲讲她身边发生的事情。有些很有意思,我就情不自禁地插嘴,她觉得打断了她,要求等她说完。这可能是以前做中小学老师养成的职业习惯 ...
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菠菜、天花板与诺贝尔奖:Karplus教授的科学传奇 2024-02-01
导读:去年夏天我去波士顿访问时,拜访了我的博士后导师 Martin Karplus教授。他问我知不知道他的自传《天花板上的菠菜》(Spinach on the Ceiling),我以为 ...
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RNA语言模型也来了! 2023-11-10
最近语言模型ChatGPT在回答各类问题的范围、深度和准确度上的革命性进展,掀起了开发通用大语言模型的热潮。与此同时,这些语言模型在生物高分子蛋白质上 ...
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万圣节露面的AlphaFold3,是trick还是treat(是给糖还是捣蛋)? 2023-11-02
每年10月31日是西方的万圣节(Halloween),小朋友都喜欢在这个节日里打扮成各种各样的妖魔鬼怪,去邻居家门口大喊:“trick or treat (给糖还是捣蛋 ...
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[转载]3=1+2:分割是如何攻克蛋白质结构预测的?下一步将走向何方? 2023-10-19
导读:近日,深圳湾实验室周耀旗课题组在 National Science Review 上发表综述展望: “3=1+2: How the Divide Conquered de Novo Protein Structure Pr ...
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博士职业和人生规划:与周耀旗教授的座谈录(下) 2023-04-16
本文为深圳湾实验室博士后联谊会每月例会的主题分享内容,会议全程主要使用英语交流, 周耀旗老师首先围绕主题讲了半小时, 然后大家自由提问了问一个多小时 ...
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博士的职业和人生规划:与周耀旗教授的座谈录(中) 2023-04-15
本文为深圳湾实验室博士后联谊会每月例会的主题分享内容,会议全程主要使用英语交流, 周耀旗老师首先围绕主题讲了半小时, 然后大家自由提问了问一个多小时 ...
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cjj1234 2021-9-10 22:58
周老师您好,我是华侨大学的一名学生,我最近再看您的这篇文章 RNA secondary structure prediction using an ensemble of two-dimensional deep neural networks and transfer learning ,尝试运行了 SPOT-RNA,生成的RNA结构预测图,有些碱基对的连线是绿色的,我不太清除这个绿色的连线是怎么来的,怎么通过用VARNA的命令行画出来的呢 ,特意来请教您。 我在utils.py 这个文件中看到了 用VARNA生成结构图的代码 subprocess.Popen( , stderr=subprocess.STDOUT, stdout=subprocess.PIPE).communicate() 里面这那个tertiary_b ... ...
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